Издательский отдел. Отдел занимается выпуском и распространением духовно-нравственной, богословской и богослужебной литературы.

Миссионерский отдел. Отдел занимается просветительской и апологетической деятельностью, а также под непосредственным контролем Святейшего Патриарха ведет диалог с представителями других исповеданий. Помимо этого под эгидой Миссионерского отдела работает комиссия по исследованию вопроса происхождения Белокриницкой иерархии. .

Отдел образования и катехизации. В ведении отдела находится Высшее Духовное Училище и Детский христианский лагерь, также отдел занимается разработкой различных программ и методических пособий для воскресных и церковноприходских школ.

Дисциплинарный отдел. В задачи отдела входит наблюдение за образом жизни духовенства с точки зрения христианской нравственности и правильностью совершения вверенного им служения.

строительно-реставрационный отдел. В задачи отдела входит консультация наших приходов по вопросу организации и проведения приходского строительства, а также реставрационных работ.

отдел по связям с общественностью. В ведении отдела находятся связи с органами государственной власти и общественными организациями.

комиссия по канонизации. В обязанности комиссии входит сбор информации о почивших в Бозе древлеправославных христианах  известных своей святой жизнью, а также представление соответствующих материалов на рассмотрение Освященного Собора.